Université de Lille

Faculté de Médecine Henri Warembourg

Année 2022

Thèse pour le diplôme d’Etat
de Docteur en Médecine

[titre de la thèse]

Présentée et soutenue publiquement le JJ MMM AAAA
à HH :mm au pôle [formation / recherche]

vérifiez que vous avez la dernière version sur http://objectifthese.org et voyez les ressources associées ! (version du 7 mars 2022)

Par [prénom] [nom de naissance obligatoire, +/- nom d’usage]

Jury

Président :
Madame/Monsieur le Professeur Prénom NOM

Assesseurs :
Madame/Monsieur le Professeur Prénom NOM
Madame/Monsieur le Docteur Prénom NOM

Directeur de thèse :
Monsieur le Professeur Prénom NOM

Avertissement

La Faculté n’entend donner aucune approbation aux opinions émises dans les thèses : celles-ci sont propres à leurs auteurs.

Remerciements

[exemples à circonstancier. Commencez par le Président, puis les autres membres, puis le directeur, avec une page séparée pour chacun. Séparez bien les fonctions universitaires puis hospitalières, avec le titre, la discipline, le service et enfin l’établissement. Puis vos amis, famille, etc. Pas de plaisanterie dans ce document.]

A mon Président de jury,

Madame/Monsieur le Professeur Prénom NOM

Professeur des Universités / Professeur associé

Enoncé de la discipline

Faculté de Médecine Henri Warembourg,

Université de Lille

Praticien Hospitalier / Praticien libéral

Service de rattachement, chefferie éventuelle

CHU de Lille

Distinctions diverses : grade dans l’Ordre des Palmes Académiques, grade dans la Légion d’Honneur, etc.

Vous me faites le grand honneur de juger mon travail et de présider le jury de cette thèse. Veuillez trouver ici la marque de ma gratitude et de mon profond respect.

A mon directeur de Thèse,

Monsieur le Professeur Emmanuel Chazard

Professeur des Universités,

Coordonnateur du département de Biostatistique, Informatique médicale et technologies de communication,

Directeur du CERIM,

Faculté de Médecine Henri Warembourg,

Université de Lille

Praticien Hospitalier,

Service Analyse et Traitement de l’Information Médicale, pôle S3P,

CHU de Lille

Vice-Président du CIMES, collège national des enseignants de biostatistique et d’informatique médicale

Directeur adjoint de la Structure Fédérative de Recherche Technologies de santé et médicament

Responsable de l’axe 3 « évaluation du vie réelle » de l’ULR 2694 Metrics

Membre élu CNU 4604

Conseiller ordinal suppléant CDOM du Nord

Bla bla bla.

Je tiens également à exprimer ma reconnaissance :

A Monsieur le Professeur Emmanuel CHAZARD,

PU-PH de Biostatistique et Informatique Médicale

à l’Université de Lille et au CHU de Lille,

pour les supports d’aide à la préparation d’une
thèse de médecine : http://objectifthese.org

A Madame le Docteur XXX XXX,

titres,

pour ...

A Monsieur le Docteur XXX XXX,

titres,

pour ...

Sigles

[à modifier au fur et à mesure. Ajoutez les sigles à la fin, puis utilisez les fonctions de tri de tableau de Word pour trier par sigle, au lieu d’insérer chaque sigle au bon endroit. Utilisez l’italique pour les termes en langue étrangère]

ARS	Agence Régionale de Santé
ATIH	Agence Technique de l’Information Hospitalière
CCAM	Classification Commune des Actes Médicaux
CIM	Classification Internationale des Maladies
CMD	Catégorie Majeure de Diagnostic
DGF	Dotation Globale de Fonctionnement
DIM	Département de l’Information Médicale
DMI	Dispositifs Médicaux Implantables
DMS	Durée Moyenne de Séjour
DP	Diagnostic Principal
GHM	Groupe Homogène de Malades
GHS	Groupe Homogène de Séjours
ICD10	International Classification of Diseases, 10th revision (voir CIM10)
IGS2	Indice de Gravité Simplifié, deuxième version
MCO	Médecine Chirurgie Obstétrique (= court séjour)
MERRI	Mission d’Enseignement Recherche Référence et Innovation
MIGAC	Missions d’Intérêt Général et d’Aide à la Contractualisation
OMS	Organisation Mondiale de la Santé
OQN	Objectif Quantifié National
PMSI	Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information
RSA	Résumé de Sortie Anonymisé
RSS	Résumé de Sortie Standardisé
SGBD	Système de Gestion de Bases de Données
SSR	Soins de Suite et de Réadaptation (= moyen séjour)
TAA, T2A	Tarification A l’Activité
UM	Unité Médicale
WHO	World Health Organization (voir OMS)

Sommaire

Avertissement	2

Remerciements	3

Sigles	6

Sommaire	8

Introduction	10

1	[Section à lire puis à supprimer du mémoire]	10

2	Introduction générale	13

3	Anatomie et physiologie de XXX	13

4	Principales pathologies de XXX	13

5	La pathologie XXX	13

5.1	Physiopathologie	13

5.2	Facteurs de risque	13

5.3	Traitement	13

5.4	Evolution	13

5.5	Epidémiologie	13

6	Objectif	13

Matériel et méthodes	15

1	Design de l’étude	15

2	Patients et données	15

3	Extraction de caractéristiques	15

4	Analyse de données	15

5	Analyse statistique	15

5.1	Analyses univariées	16

5.2	Analyses bivariées	16

5.3	Analyses multivariées	16

5.4	Significativité	17

6	Cadre réglementaire	17

Résultats	18

1	Flowchart	18

2	Description des patients à l’inclusion	18

3	Partie 1	18

3.1	Exemple de titre	18

3.1.1	Exemple de titre	18

4	Partie 2	19

4.1	Exemple de titre	19

4.1.1	Exemple de titre	19

5	Partie 3	19

5.1	Exemple de titre	19

5.1.1	Exemple de titre	19

Discussion	20

1	Principaux résultats	20

2	Discussion des résultats	20

3	Discussion de la méthode	20

4	Perspectives / significativité clinique	20

Conclusion	21

Liste des tables	22

Liste des figures	23

Références	24

Annexe 1	25

Introduction

[Section à lire puis à supprimer du mémoire]

Utilisez ce document comme trame de rédaction et comme modèle de document. Supprimez tous éléments entre crochets.

Réalisez votre bibliographie avec Zotero, cela vous fera gagner énormément de temps. Installez et utilisez le style « Elsevier Vancouver » téléchargeable ici :
https://www.zotero.org/styles/elsevier-vancouver

Pensez à définir le pied de page, selon le modèle indiqué. Travaillez en affichant les marques invisibles, en cliquant sur le bouton dans le ruban (Figure 1).

Figure 1. L'indispensable bouton pour afficher les caractères spéciaux !

Utilisez les styles Titre pour les nouvelles sections (il inclut un saut de page avant), titre 1, titre 2, titre 3, titre 4, etc. pour les titres hiérarchiques (obligatoire !). Ces styles de titres sont indispensables. Ils permettent :

une présentation homogène et lisible

une numérotation automatique grâce au style de hiérarchie « Hiérarchie de titres Chazard »

la constitution automatique du sommaire, déjà créé en début de document

S’ils ne vous conviennent pas, il faut modifier les styles eux-mêmes, mais surtout pas utiliser d’autres procédés ni faire de modification locale du texte saisi.

Vous pouvez utiliser le style suivant pour des définitions ou des citations particulières :

citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee

Pour faire des renvois, vous devez utiliser les fonctions dynamiques de Word. Vous pouvez également y ajouter le style renvoi si vous le souhaitez. Pour les éléments en gras, nous vous recommandons le style gras.

Si vous affichez du code informatique, nous vous recommandons le style suivant, qui utilise une police unispace :

code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code

Pour les figures, collez-les en mode « aligné sur le texte » et appliquez le style figure_image dans le paragraphe occupé par l’image. Puis insérez une légende automatiquement numérotée avec Word, et veillez à ce que le style Légende soit bien appliqué. Enfin, réalisez obligatoirement des renvois automatiques vers la figure dans le texte. En voici un exemple (Figure 2).

Figure 2. Acquisition et traitement des données dans les études traditionnelles (d’après [1])

Voici une checklist pour les figures :

aligner la figure sur le texte (clic droit sur l’image > taille et position > habillage du texte > Aligné sur le texte)

générer une légende automatiquement numérotée

appliquer les styles figure et Légende

si vous n’avez pas produit l’image, citez obligatoirement la référence dans la légende avec (d’après [ref])

référencer l’image dans votre texte avec un renvoi automatique

Le référencement des tableaux est similaire à celui des figures, si ce n’est que la légende se positionne au-dessus. Pour légender, préférez le libellé « table » à « tableau », car le mot « table » tout comme le mot « figure » est aussi valable en Anglais. De la sorte, si vous copiez votre article en Anglais dans ce document, la numérotation des tableaux restera cohérente. Sinon, Word considérera qu’il s’agit de deux énumérations différentes. Utilisez le style de tabeau style_tableau, déjà conçu, et tirez parti des cases à cocher (Figure 3). Référencez également dans le texte comme suit (Table 1).

Table 1. Exemple de diagnostics

Id	Diagnostic
1	Diabète
2	Diabète
5	Fracture

Figure 3. Utilisation des mises en forme automatiques de tableaux

Très important :

Utilisez

Systématiquement

Les listes à puces de Word

Et ne faites jamais cela à la main !!

Utilisez [tab] ou pour indenter vers la droite un item de liste ou un ensemble d’items

Utilisez [maj+tab] ou pour indenter vers la gauche

Utilisez [maj+entrée] pour retourner à la ligne sans terminer le paragraphe, donc sans déclencher de nouvelle puce. Disposez une tabulation avant le saut de ligne si vous souhaitez éviter les effets disgracieux du justifié.

Citez vos références en utilisant Zotero uniquement, et ce dès le début du travail.

N’insérez pas de paragraphe vide avant ou après vos titres. Si vous souhaitez aérer plus le texte, modifiez directement la définition du style Titre x correspondant pour satisfaire vos envies. Ne confondez pas aspect et contenu du texte.

L’impression pourra être faite :

en recto simple, mais en simple interligne (la page de gauche, toujours blanche, sera nettement suffisante pour permettre au jury de prendre des notes)

en reliure collée, avec une couverture couleur ivoire

dans un magasin spécialisé ou en ligne
(par exemple https://www.impression-these.com/)

en noir et blanc intégral, ou en intercalant des pages en couleurs, ou plus simplement en couleur intégral (la différence de prix n’est plus très importante)

On met ici quelques citations simplement pour matérialiser la bibliographie à la fin du document. CIM10 [2], CCAM [3], R & RStudio [4,5]. Notez au passage qu’il faut toujours grouper des items qu’on souhaite citer en même temps. De plus amples informations sur l’utilisation de Zotero, avec Word notamment, sont disponibles sur http://objectifthese.org .

Ci-dessous vous trouverez un exemple de plan pour l’introduction. Ce plan n’est pas compatible avec tous les sujets.

Introduction générale

On indique ici très rapidement de quoi on parle

Anatomie et physiologie de XXX

Anatomie et physiologie de l’appareil étudié

Principales pathologies de XXX

Principales pathologies de l’appareil étudié

La pathologie XXX

La pathologie à laquelle vous vous intéressez

Physiopathologie

Physiopathologie de la pathologie à laquelle vous vous intéressez

Facteurs de risque

Facteurs de risques de la pathologie à laquelle vous vous intéressez

Traitement

Traitement de la pathologie à laquelle vous vous intéressez. Pensez à bien définir les termes, et à distinguer les approches en fonction du stade et de l’objectif (curatif, palliatif, symptomatique, préventif, préventif des récidives, préventif des complications, préventif des pathologies associées, etc.).

Evolution

évolution spontanée, sous traitement, survie, facteurs de risque

Epidémiologie

Epidémiologie (incidence, prévalence, population touchée), épidémiologie des soins (épidémiologie du traitement, nombre d’hospitalisations, d’actes, coût pour la société, etc.), épidémiologie des complications, etc..

Objectif

L’introduction précédente a permis de mettre en évidence les carences de la littérature sur tel point…

SOIT (présentation plutôt science de la gestion)

L’objectif stratégique de ce travail est…

Afin de contribuer à cet objectif, l’objectif opérationnel de ce travail est…

SOIT (présentation plutôt recherche clinique)

L’objectif principal de ce travail est…

Les objectifs secondaires sont…

Matériel et méthodes

ici un exemple de plan qu’il faudra circonstancier évidemment

Design de l’étude

indiquer ici si cohorte, cohorte historique, exposé/non-exposé, étude cas-témoin, étude transversale, etc.

Critères d’inclusion / exclusion (âge, sexe, se présentant à, tirage au sort, patients consécutifs, etc.)

Critères d’exposition (variable définissant les groupes notamment)

Critère principal d’intérêt (survie, score, etc.)

Critères secondaires d’intérêt

Patients et données

comment on recrute les patients

quelles données on recueille

En réutilisation de données, les variables natives telles qu’elles sont disponibles avant traitement

Extraction de caractéristiques

uniquement pour les études de réutilisation de données, indiquer ici comment on calcule les variables d’intérêt depuis les variables existant dans la base de données.

Analyse de données

dire ce qu’on souhaite calculer et comparer, en citant le nom de variables, mais sans donner le nom des méthodes statistiques.

Analyse statistique

Ici c’est l’inverse, on cite le nom des méthodes statistiques, mais sans dire à quoi elles servent, sans citer le nom des variables. Exemple :

Analyses univariées

Les variables qualitatives, binaires, ou discrètes avec très peu de modalités sont exprimées en effectif et pourcentage.

Les variables quantitatives sont exprimées en moyenne et écart type (SD, standard deviation) si l’histogramme révèle une distribution d’allure symétrique, et médiane premier et troisième quartile (Q1, Q3) dans le cas contraire.

Les survies sont étudiées avec l’estimateur de Kaplan-Meier. Les intervalles de confiance des survie à 95% (IC95) sont calculés à l’aide d’une loi normale.

[facultatif] Les intervalles de confiance des proportions à 95% (IC95) sont calculés à l’aide d’une loi [choisir] binomiale / normale.

[facultatif] Les intervalles de confiance des moyennes à 95% (IC95) sont calculés à l’aide d’une loi [choisir] de Student / normale.

Analyses bivariées

L’indépendance entre deux variables qualitatives est testée à l’aide d’un test [choisir] exact de Fisher / du Khi².

L’indépendance entre une variable qualitative et une variable quantitative est testée à l’aide [choisir] d’un test de Student / d’une analyse de la variance ANOVA / d’un test de Wilcoxon-Mann-Whitney.

L’indépendance entre deux variables quantitatives est testée à l’aide [choisir] du test de nullité du coefficient de corrélation de Pearson / du test de nullité du coefficient de corrélation de Spearman / du test de nullité de la pente d’une régression linéaire simple.

L’indépendance entre une variable de survie et une variable qualitative est testée à l’aide d’un test du Log Rank.

Analyses multivariées

[facultatif] Les relations entre les covariables candidates et une variable quantitative sont modélisées et testées à l’aide d’une régression linéaire multiple. Les résultats sont exprimés en termes de coefficient assorti d’un intervalle de confiance à 95%.

[facultatif] Les relations entre les covariables candidates et une variable binaire sont modélisées et testées à l’aide d’une régression logistique. Les résultats sont exprimés en termes d’odds ratio (OR) assorti d’un intervalle de confiance à 95%.

[facultatif] Les relations entre les covariables candidates et une variable de survie sont modélisées et testées à l’aide d’un modèle de Cox. Les résultats sont exprimés en termes de hazard ratio (HR) assorti d’un intervalle de confiance à 95%.

Préciser dans tous les cas une des options suivantes :

Seules les covariables retrouvées dans la littérature sont incluses dans l’analyse

Seules les covariables associées en bivarié à la variable d’intérêt avec une p valeur inférieure à 20% sont incluses dans l’analyse

Les covariables disponibles sont toutes incluses dans l’analyse, et sont sélectionnées automatiquement à l’aide d’une procédure pas-à-pas [choisir] ascendante/descendante/bidirectionnelle. Seul le modèle final est présenté.

Les covariables disponibles sont toutes incluses dans l’analyse, et sont filtrées itérativement à dire d’expert. Seul le modèle final est présenté.

Significativité

Les tests statistiques sont bilatéraux. Les p valeurs sont considérées comme significatives au seuil de 5%. Les intervalles de confiance sont calculés à 95%.

Cadre réglementaire

Financement

Autorisations CNIL CPP etc.

Information et consentement

Résultats

ici un exemple de plan qu’il faudra circonstancier évidemment

Flowchart

Description des patients à l’inclusion

Une approche aisée est d’énumérer les données descriptives dans l’ordre d’apparition de l’information :

âge, sexe

maladies chroniques préexistantes, facteurs de risque de la maladie d’intérêt

au diagnostic de la maladie d’intérêt : âge, symptôme

prise en charge initiale (ex : admission aux urgences, etc.)

prise en charge principale (ex : chirurgie, traitement)

suites immédiates (ex : réanimation, décès, sortie de l’hôpital, etc.)

suites à plus long terme (ex : récidives, complications, réinterventions, rémission, guérison, etc.)

Il est très important de suivre les recommandations et de ne pas produire trop d’indicateurs statistiques. Voir pour ce faire le cours dédié à la présentation des résultats statistiques, sur la page http://objectifthese.org (vidéo et diaporama).

Partie 1

Exemple de titre

Exemple de titre

Exemple de titre

Partie 2

Exemple de titre

Exemple de titre

Exemple de titre

Partie 3

Exemple de titre

Exemple de titre

Exemple de titre

Discussion

Principaux résultats

On voulait faire… on a fait… on a obtenu…

Cette partie sert à montrer qu’on a obtenu ce qu’on voulait. Imaginez un cuisiniste qui mène avec vous la restitution des travaux : il passe en revue les éléments du devis, et vous montre qu’ils ont été réalisés comme prévu.

Dans cette partie, on ne recite pas tous les résultats, mais les principaux, sans p valeur et sans intervalle de confiance.

Discussion des résultats

Comparer les résultats obtenus aux résultats dans la littérature. Il est habituel de citer de nouveau les mêmes références que dans l’introduction.

Discussion de la méthode

Enoncez les points forts de la méthode

Enoncez les points faibles de la méthode

On discutera notamment l’effectif, la qualité des données utilisées, la présence de biais, etc.

Comparer les méthodes utilisées à celles retrouvées dans la littérature sur le même sujet. Il est habituel de citer de nouveau les mêmes références que dans l’introduction.

Perspectives / significativité clinique

Dites en quoi ces résultats sont importants, ce qu’ils changent. Indiquez également s’il faut compléter cette étude par une approche plus rigoureuse ou complémentaire.

Conclusion

Souvent, la conclusion n’est pas nécessaire. Elle tient en une ou deux phrases.

Liste des tables

[Cette liste se met à jour automatiquement. Elle utilise le style Table des Illustrations. Supprimez ce message.]

Table 1. Exemple de diagnostics	11

Liste des figures

[Cette liste se met à jour automatiquement. Elle utilise le style Table des Illustrations. Supprimez ce message.]

Figure 1. L'indispensable bouton pour afficher les caractères spéciaux !	10

Figure 2. Acquisition et traitement des données dans les études traditionnelles (d’après [1])	11

Figure 3. Utilisation des mises en forme automatiques de tableaux	12

Références

[Cette liste se met à jour automatiquement. Elle utilise le style Bibliographie. Supprimez ce message.]

[1]	Chazard E. Réutilisation et fouille de données massives de santé produites en routine au cours du soin. Habilitation à Diriger des Recherches. Université de Lille, 2017.

[2]	World Health Organization. International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems 2018. http://www.who.int/classifications/icd/en/ (accessed January 22, 2020).

[3]	Social Security. French comon classification of medical procedures - CCAM n.d. https://www.ameli.fr/accueil-de-la-ccam/telechargement/index.php (accessed August 12, 2019).

[4]	R Core Team. R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing; 2014.

[5]	RStudio Team (2015). RStudio: Integrated Development for R. RStudio, Inc. n.d.

[6]	World Health Organization. International Classification of Diseases (ICD) n.d. http://www.who.int/classifications/icd/en/ (accessed January 17, 2017).

Annexe 1

AUTEUR : Nom : XXXXX (de naissance, puis d’usage) Prénom : xxxxx Date de Soutenance : jj/mm/aaaa Titre de la Thèse : xxxxx Thèse - Médecine - Lille 2022 Cadre de classement : Médecine Générale DES + FST ou option : Médecine Générale Mots-clés : bla bla bla
Résumé : (2500 caractères maximum, espace et ponctuations compris) Contexte : bla bla bla Matériel et Méthodes : bla bla bla Résultats : bla bla bla Conclusion : bla bla bla
Composition du Jury : Président : Madame/Monsieur le Professeur … Assesseurs : Madame/Monsieur le Professeur … Madame/Monsieur le Docteur … Directeur : Monsieur le Professeur Emmanuel Chazard