Université de Lille

Faculté de Médecine Henri Warembourg

Année 2022

Thèse pour le diplôme d’Etat
de Docteur en Médecine

[titre de la thèse]

Présentée et soutenue publiquement le JJ MMM AAAA
à HH :mm au pôle [formation / recherche]

vérifiez que vous avez la dernière version sur http://objectifthese.org et voyez les ressources associées ! (version du 7 mars 2022)

Par [prénom] [nom de naissance obligatoire, +/- nom d’usage]

Jury

Président :
Madame/Monsieur le Professeur Prénom NOM

Assesseurs :
Madame/Monsieur le Professeur Prénom NOM
Madame/Monsieur le Docteur Prénom NOM

Directeur de thèse :
Monsieur le Professeur Prénom NOM

Avertissement

La Faculté n’entend donner aucune approbation aux opinions émises dans les thèses : celles-ci sont propres à leurs auteurs.

Remerciements

[exemples à circonstancier. Commencez par le Président, puis les autres membres, puis le directeur, avec une page séparée pour chacun. Séparez bien les fonctions universitaires puis hospitalières, avec le titre, la discipline, le service et enfin l’établissement. Puis vos amis, famille, etc. Pas de plaisanterie dans ce document.]

A mon Président de jury,

Madame/Monsieur le Professeur Prénom NOM

Professeur des Universités / Professeur associé

Enoncé de la discipline

Faculté de Médecine Henri Warembourg,

Université de Lille

Praticien Hospitalier / Praticien libéral

Service de rattachement, chefferie éventuelle

CHU de Lille

Distinctions diverses : grade dans l’Ordre des Palmes Académiques, grade dans la Légion d’Honneur, etc.

Vous me faites le grand honneur de juger mon travail et de présider le jury de cette thèse. Veuillez trouver ici la marque de ma gratitude et de mon profond respect.

A mon directeur de Thèse,

Monsieur le Professeur Emmanuel Chazard

Professeur des Universités,

Coordonnateur du département de Biostatistique, Informatique médicale et technologies de communication,

Directeur du CERIM,

Faculté de Médecine Henri Warembourg,

Université de Lille

Praticien Hospitalier,

Service Analyse et Traitement de l’Information Médicale, pôle S3P,

CHU de Lille

Vice-Président du CIMES, collège national des enseignants de biostatistique et d’informatique médicale

Directeur adjoint de la Structure Fédérative de Recherche Technologies de santé et médicament

Responsable de l’axe 3 « évaluation du vie réelle » de l’ULR 2694 Metrics

Membre élu CNU 4604

Conseiller ordinal suppléant CDOM du Nord

Bla bla bla.

Je tiens également à exprimer ma reconnaissance :

A Monsieur le Professeur Emmanuel CHAZARD,

PU-PH de Biostatistique et Informatique Médicale

à l’Université de Lille et au CHU de Lille,

pour les supports d’aide à la préparation d’une
thèse de médecine : http://objectifthese.org

A Madame le Docteur XXX XXX,

titres,

pour ...

A Monsieur le Docteur XXX XXX,

titres,

pour ...

Sigles

[à modifier au fur et à mesure. Ajoutez les sigles à la fin, puis utilisez les fonctions de tri de tableau de Word pour trier par sigle, au lieu d’insérer chaque sigle au bon endroit. Utilisez l’italique pour les termes en langue étrangère]

ARS	Agence Régionale de Santé
ATIH	Agence Technique de l’Information Hospitalière
CCAM	Classification Commune des Actes Médicaux
CIM	Classification Internationale des Maladies
CMD	Catégorie Majeure de Diagnostic
DGF	Dotation Globale de Fonctionnement
DIM	Département de l’Information Médicale
DMI	Dispositifs Médicaux Implantables
DMS	Durée Moyenne de Séjour
DP	Diagnostic Principal
GHM	Groupe Homogène de Malades
GHS	Groupe Homogène de Séjours
ICD10	International Classification of Diseases, 10th revision (voir CIM10)
IGS2	Indice de Gravité Simplifié, deuxième version
MCO	Médecine Chirurgie Obstétrique (= court séjour)
MERRI	Mission d’Enseignement Recherche Référence et Innovation
MIGAC	Missions d’Intérêt Général et d’Aide à la Contractualisation
OMS	Organisation Mondiale de la Santé
OQN	Objectif Quantifié National
PMSI	Programme de Médicalisation des Systèmes d’Information
RSA	Résumé de Sortie Anonymisé
RSS	Résumé de Sortie Standardisé
SGBD	Système de Gestion de Bases de Données
SSR	Soins de Suite et de Réadaptation (= moyen séjour)
TAA, T2A	Tarification A l’Activité
UM	Unité Médicale
WHO	World Health Organization (voir OMS)

Sommaire

Avertissement	2

Remerciements	3

Sigles	6

Sommaire	8

Préambule	10

Introduction	11

1	[Section à lire puis à supprimer du mémoire]	11

2	Introduction générale	14

3	Anatomie et physiologie de XXX	14

4	Principales pathologies de XXX	14

5	La pathologie XXX	14

5.1	Physiopathologie	14

5.2	Facteurs de risque	14

5.3	Traitement	14

5.4	Evolution	14

5.5	Epidémiologie	14

6	Objectif	14

Article en Anglais	16

Introduction	16

1	Subtitle	16

1.1.1	Subtitle	16

2	Material and methods	16

2.1	Study design	16

2.2	Patients and data	17

2.3	Feature extraction	17

2.4	Data Analysis	17

2.5	Statistical analysis	17

2.5.1	Univariate analyses	17

2.5.2	Bivariate analyses	17

2.5.3	Multivariate analyses	18

2.5.4	Significance	18

2.6	Regulatory framework	18

3	Results	18

3.1	Flowchart	18

3.2	Description of patients at inclusion	18

4	Part 2	19

4.1	Exemple de titre	19

4.1.1	Exemple de titre	19

5	Discussion	19

5.1	Key results	19

5.2	Discussion of the results	19

5.3	Discussion of the method	19

5.4	Perspectives / Clinical Significance	20

6	Conclusion	20

Conclusion en Français	21

Liste des tables	22

Liste des figures	23

Références	24

Annexe 1	25

Préambule

Le travail scientifique présenté dans cette thèse de médecine fait l’objet d’une publication d’article international en anglais. Il suit le plan suivant :

Une introduction longue en français, qui poursuit deux objectifs : présenter le contexte médical avec une orientation principalement pédagogique, et présenter le contexte scientifique et l’objectif, comme le fait également l’introduction de l’article en anglais

L’abstract en anglais, tel qu’il sera soumis en complément de l’article reproduit juste après.

L’article en anglais, tel qu’il sera soumis à une revue scientifique internationale. Cet article suit le plan classique, dans le format imposé par le journal (introduction, matériel et méthodes, résultats, discussion)

Une discussion en français, qui reprend pour l’essentiel la discussion en anglais de l’article

Le document est structuré ainsi en application de la circulaire Toubon.

Les références présentées en fin de document, ainsi que les listes de figures et tables, résultent de la fusion des parties en anglais et en français. La numérotation est donc incrémentée dans l’ensemble du document, que les parties soient anglophones ou francophones.

Introduction

[Section à lire puis à supprimer du mémoire]

Utilisez ce document comme trame de rédaction et comme modèle de document. Supprimez tous éléments entre crochets.

Réalisez votre bibliographie avec Zotero, cela vous fera gagner énormément de temps. Installez et utilisez le style « Elsevier Vancouver » téléchargeable ici :
https://www.zotero.org/styles/elsevier-vancouver

Pensez à définir le pied de page, selon le modèle indiqué. Travaillez en affichant les marques invisibles, en cliquant sur le bouton dans le ruban (Figure 1).

Figure 1. L'indispensable bouton pour afficher les caractères spéciaux !

Utilisez les styles Titre pour les nouvelles sections (il inclut un saut de page avant), titre 1, titre 2, titre 3, titre 4, etc. pour les titres hiérarchiques (obligatoire !). Ces styles de titres sont indispensables. Ils permettent :

une présentation homogène et lisible

une numérotation automatique grâce au style de hiérarchie « Hiérarchie de titres Chazard »

la constitution automatique du sommaire, déjà créé en début de document

S’ils ne vous conviennent pas, il faut modifier les styles eux-mêmes, mais surtout pas utiliser d’autres procédés ni faire de modification locale du texte saisi.

Vous pouvez utiliser le style suivant pour des définitions ou des citations particulières :

citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee citation_decalee

Pour faire des renvois, vous devez utiliser les fonctions dynamiques de Word. Vous pouvez également y ajouter le style renvoi si vous le souhaitez. Pour les éléments en gras, nous vous recommandons le style gras.

Si vous affichez du code informatique, nous vous recommandons le style suivant, qui utilise une police unispace :

code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code code

Pour les figures, collez-les en mode « aligné sur le texte » et appliquez le style figure_image dans le paragraphe occupé par l’image. Puis insérez une légende automatiquement numérotée avec Word, et veillez à ce que le style Légende soit bien appliqué. Enfin, réalisez obligatoirement des renvois automatiques vers la figure dans le texte. En voici un exemple (Figure 2).

Figure 2. Acquisition et traitement des données dans les études traditionnelles (d’après [1])

Voici une checklist pour les figures :

aligner la figure sur le texte (clic droit sur l’image > taille et position > habillage du texte > Aligné sur le texte)

générer une légende automatiquement numérotée

appliquer les styles figure et Légende

si vous n’avez pas produit l’image, citez obligatoirement la référence dans la légende avec (d’après [ref])

référencer l’image dans votre texte avec un renvoi automatique

Le référencement des tableaux est similaire à celui des figures, si ce n’est que la légende se positionne au-dessus. Pour légender, préférez le libellé « table » à « tableau », car le mot « table » tout comme le mot « figure » est aussi valable en Anglais. De la sorte, si vous copiez votre article en Anglais dans ce document, la numérotation des tableaux restera cohérente. Sinon, Word considérera qu’il s’agit de deux énumérations différentes. Utilisez le style de tabeau style_tableau, déjà conçu, et tirez parti des cases à cocher (Figure 3). Référencez également dans le texte comme suit (Table 1).

Table 1. Exemple de diagnostics

Id	Diagnostic
1	Diabète
2	Diabète
5	Fracture

Figure 3. Utilisation des mises en forme automatiques de tableaux

Très important :

Utilisez

Systématiquement

Les listes à puces de Word

Et ne faites jamais cela à la main !!

Utilisez [tab] ou pour indenter vers la droite un item de liste ou un ensemble d’items

Utilisez [maj+tab] ou pour indenter vers la gauche

Utilisez [maj+entrée] pour retourner à la ligne sans terminer le paragraphe, donc sans déclencher de nouvelle puce. Disposez une tabulation avant le saut de ligne si vous souhaitez éviter les effets disgracieux du justifié.

Citez vos références en utilisant Zotero uniquement, et ce dès le début du travail.

N’insérez pas de paragraphe vide avant ou après vos titres. Si vous souhaitez aérer plus le texte, modifiez directement la définition du style Titre x correspondant pour satisfaire vos envies. Ne confondez pas aspect et contenu du texte.

L’impression pourra être faite :

en recto simple, mais en simple interligne (la page de gauche, toujours blanche, sera nettement suffisante pour permettre au jury de prendre des notes)

en reliure collée, avec une couverture couleur ivoire

dans un magasin spécialisé ou en ligne
(par exemple https://www.impression-these.com/)

en noir et blanc intégral, ou en intercalant des pages en couleurs, ou plus simplement en couleur intégral (la différence de prix n’est plus très importante)

On met ici quelques citations simplement pour matérialiser la bibliographie à la fin du document. CIM10 [2], CCAM [3], R & RStudio [4,5]. Notez au passage qu’il faut toujours grouper des items qu’on souhaite citer en même temps. De plus amples informations sur l’utilisation de Zotero, avec Word notamment, sont disponibles sur http://objectifthese.org .

Ci-dessous vous trouverez un exemple de plan pour l’introduction. Ce plan n’est pas compatible avec tous les sujets.

Introduction générale

On indique ici très rapidement de quoi on parle

Anatomie et physiologie de XXX

Anatomie et physiologie de l’appareil étudié

Principales pathologies de XXX

Principales pathologies de l’appareil étudié

La pathologie XXX

La pathologie à laquelle vous vous intéressez

Physiopathologie

Physiopathologie de la pathologie à laquelle vous vous intéressez

Facteurs de risque

Facteurs de risques de la pathologie à laquelle vous vous intéressez

Traitement

Traitement de la pathologie à laquelle vous vous intéressez. Pensez à bien définir les termes, et à distinguer les approches en fonction du stade et de l’objectif (curatif, palliatif, symptomatique, préventif, préventif des récidives, préventif des complications, préventif des pathologies associées, etc.).

Evolution

évolution spontanée, sous traitement, survie, facteurs de risque

Epidémiologie

Epidémiologie (incidence, prévalence, population touchée), épidémiologie des soins (épidémiologie du traitement, nombre d’hospitalisations, d’actes, coût pour la société, etc.), épidémiologie des complications, etc..

Objectif

L’introduction précédente a permis de mettre en évidence les carences de la littérature sur tel point…

SOIT (présentation plutôt science de la gestion)

L’objectif stratégique de ce travail est…

Afin de contribuer à cet objectif, l’objectif opérationnel de ce travail est…

SOIT (présentation plutôt recherche clinique)

L’objectif principal de ce travail est…

Les objectifs secondaires sont…

Article en Anglais

Introduction

Exceptionnellement on a modifié localement le paragraphe ci-dessus pour faire dispaître le saut de page impose par le style “Titre”. [Propriétés du paragraphe > enchaînements > saut de page avant]. Supprimer ce message.

Subtitle

Subtitle

Subtitle

Subtitle

Subtitle

Here, some citations. ICD10 [2], CCAM [3], R & RStudio [4,5]. You can observe that, when you want to cite several references at the same place, you have to group them together, such as [4–6], but never [4][5][6]. Let Zotero manage those grouping manners. If you need to merge citations a posteriori, you can have a look on this topic: https://forums.zotero.org/discussion/69858/how-to-merge-citations

Material and methods

notez que le modèle de these que je vous propose en Français contient un plan détaillé pour cette partie

Study design

Indicate here whether a prospective cohort, historical cohort, exposed/non-exposed study, case-control study, cross-sectional study, etc., is being conducted.

Inclusion/exclusion criteria (age, gender, random draw, consecutive patients, etc.).

Exposure criteria (e.g., variable enabling to define groups)

Main criterion of interest (survival, score, outcome, etc.)

Secondary criteria of interest

Patients and data

how you recruit patients

which data are collected, and how

For data reuse studies, describe native variables as they are available before processing

Feature extraction

For data reuse studies only, indicate here how the variables of interest are calculated from variables existing in the database.

Data Analysis

Explain what you want to calculate and compare, citing the names of variables, but without giving the names of the statistical methods.

Statistical analysis

Here it is the opposite, we quote the names of the statistical methods, but without saying what they are used for, without quoting the names of the variables. For instance:

Univariate analyses

Qualitative, binary, or discrete variables with very few modalities are expressed in numbers and percentages.

Quantitative variables are expressed as mean and standard deviation (SD) if the histogram reveals a symmetrical pattern distribution, and median first and third quartile (Q1, Q3) otherwise.

Survival is studied with the Kaplan-Meier estimator. The 95% confidence intervals of survival (IC95) are calculated using a normal distribution.

[optional] The 95% confidence intervals of the proportions (IC95) are calculated using a binomial/normal [choose] distribution.

[optional] The 95% confidence intervals of the means (CI95) are calculated using a [choose] Student / normal distribution.

Bivariate analyses

The independence between two qualitative variables is tested using [choose] an exact Fisher / a Chi-square test.

Independence between a qualitative and a quantitative variable is tested using [choose] a Student test / an ANOVA / a Wilcoxon-Mann-Whitney test.

Independence between two quantitative variables is tested using [choose] Pearson's correlation coefficient nullity test / Spearman's correlation coefficient nullity test / linear regression slope nullity test.

The independence between a survival variable and a qualitative variable is tested using a Log Rank test.

Multivariate analyses

[optional] The relationships between candidate covariates and a quantitative variable are modelled and tested using multiple linear regression. The results are expressed in terms of coefficients with their 95% confidence intervals.

[optional] Relationships between candidate covariates and a binary variable are modeled and tested using logistic regression. The results are expressed in terms of odds ratios (OR) with 95% confidence intervals.

[optional] The relationships between the candidate covariates and a survival variable are modelled and tested using a Cox model. The results are expressed in terms of hazard ratios (HR) with a 95% confidence intervals.

In all cases, specify one of the following options:

Only covariates found in the literature are included in the analysis.

Only the covariates associated in bivariate with the variable of interest with a p value lower than 20% are included in the analysis.

The available covariates are all included in the analysis, and are selected automatically using [choose] an ascending / a descending / a bidirectional stepwise procedure. Only the final model is presented.

The available covariates are all included in the analysis, and are filtered iteratively according to expert opinion. Only the final model is presented.

Significance

Statistical tests are bilateral. The p values are considered significant at the 5% threshold. Confidence intervals are calculated at 95%.

Regulatory framework

Funding

CNIL / CPP / etc. authorizations

Patients’ information and consent

Results

ici un exemple de plan qu’il faudra circonstancier évidemment

Flowchart

See the dedicated course (videos and slides) on http://objectifthese.org .

Description of patients at inclusion

An easy way is to list the descriptive data in the order in which the information appears:

age, gender

pre-existing chronic diseases, risk factors for the disease of interest

diagnosis of the disease of interest: age, symptoms

Primary care (e.g., admission to the emergency room, etc.)

Specific care (e.g. surgery, treatment)

immediate consequences (e.g., intensive care unit, death, hospital discharge, etc.)

longer-term consequences (ex: recurrences, complications, re-interventions, remission, recovery, etc.).

It is important to follow the international guidelines and not to produce too many statistical indicators. To do this, see the course dedicated to the presentation of statistical results, on the page http://objectifthese.org (video and slide show).

Part 2

Exemple de titre

Exemple de titre

Exemple de titre

Discussion

exemple de plan à cisconstancier… Effacer les sous-titres a posteriori, c’est plus un guide de redaction.

Key results

We wanted to do... we did... we got...

Cette partie sert à montrer qu’on a obtenu ce qu’on voulait. Imaginez un cuisiniste qui mène avec vous la restitution des travaux : il passe en revue les éléments du devis, et vous montre qu’ils ont été réalisés comme prévu.

Dans cette partie, on ne recite pas tous les résultats, mais les principaux, sans p valeur et sans intervalle de confiance.

Discussion of the results

Compare the results obtained with the results in the literature. It is customary to cite the same references again as in the introduction.

Discussion of the method

State the strong points of the method

State the weak points of the method

Discussions will include the number of patients, the quality of data, the presence of bias, and so on.

Compare the methods used with those found in the literature on the same subject. It is customary to cite the same references again as in the introduction.

Perspectives / Clinical Significance

Say why these results are important, what they change. Also indicate whether a more rigorous or complementary approach is needed to complement this study.

Conclusion

Most of the time, a conclusion is not required by the journal. In that case, just drop this section.

Conclusion en Français

Dans le cadre d’application de la circulaire Toubon, comme expliqué en préambule, le mémoire doit commencer et se terminer en Français. Un paragraphe de conclusion en Français est amplement suffisant.

Liste des tables

[Cette liste se met à jour automatiquement. Elle utilise le style Table des Illustrations. Supprimez ce message.]

Table 1. Exemple de diagnostics	12

Liste des figures

[Cette liste se met à jour automatiquement. Elle utilise le style Table des Illustrations. Supprimez ce message.]

Figure 1. L'indispensable bouton pour afficher les caractères spéciaux !	11

Figure 2. Acquisition et traitement des données dans les études traditionnelles (d’après [1])	12

Figure 3. Utilisation des mises en forme automatiques de tableaux	13

Références

[Cette liste se met à jour automatiquement. Elle utilise le style Bibliographie. Supprimez ce message.]

[1]	Chazard E. Réutilisation et fouille de données massives de santé produites en routine au cours du soin. Habilitation à Diriger des Recherches. Université de Lille, 2017.

[2]	World Health Organization. International Statistical Classification of Diseases and Related Health Problems 2018. http://www.who.int/classifications/icd/en/ (accessed January 22, 2020).

[3]	Social Security. French comon classification of medical procedures - CCAM n.d. https://www.ameli.fr/accueil-de-la-ccam/telechargement/index.php (accessed August 12, 2019).

[4]	R Core Team. R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing; 2014.

[5]	RStudio Team (2015). RStudio: Integrated Development for R. RStudio, Inc. n.d.

[6]	World Health Organization. International Classification of Diseases (ICD) n.d. http://www.who.int/classifications/icd/en/ (accessed January 17, 2017).

Annexe 1

AUTEUR : Nom : XXXXX (de naissance, puis d’usage) Prénom : xxxxx Date de Soutenance : jj/mm/aaaa Titre de la Thèse : xxxxx Thèse - Médecine - Lille 2022 Cadre de classement : Médecine Générale DES + FST ou option : Médecine Générale Mots-clés : bla bla bla
Résumé : (2500 caractères maximum, espace et ponctuations compris) Contexte : bla bla bla Matériel et Méthodes : bla bla bla Résultats : bla bla bla Conclusion : bla bla bla
Composition du Jury : Président : Madame/Monsieur le Professeur … Assesseurs : Madame/Monsieur le Professeur … Madame/Monsieur le Docteur … Directeur : Monsieur le Professeur Emmanuel Chazard

Circulaire du 19 mars 1996 concernant l'application de la loi no 94-665 du 4 août 1994 relative à l'emploi de la langue française. JORF n°68 du 20 mars 1996 page 4258. NOR: PRMX9601403C